PMS2阻害剤には、DNAのミスマッチ修復経路における重要なタンパク質であるPMS2の機能に間接的に影響を与える様々な化合物が含まれる。これらの阻害剤はPMS2を直接標的とするのではなく、DNA損傷の誘導、DNA修復過程の変化、あるいはPMS2が適切に機能するために不可欠な細胞環境の調節によって効果を発揮する。このクラスの化合物は、鎖間架橋、DNA鎖切断、DNA構造への取り込みなど、様々なタイプのDNA損傷を誘導する能力を持っているのが特徴で、PMS2が働くMMRシステムを圧倒したり、妨害したりする。例えば、カンプトテシン、エトポシド、シスプラチンのような薬剤は、トポイソメラーゼの阻害やDNA架橋の形成を通じてDNA損傷を誘導することによって作用する。これらのDNA損傷は、MMRシステムにとって難易度の高い基質を作り出し、過剰な数の損傷や修復抵抗性構造の形成により、PMS2の機能阻害を引き起こす。
メトトレキサートやヒドロキシ尿素のようなこのクラスの他の薬剤は、間接的にDNA合成と修復に影響を与える。ヌクレオチドプールバランスを変化させたり、リボヌクレオチド還元酵素を阻害することによって、これらの化合物はDNA複製と修復が損なわれる環境を作り出し、それによってMMRシステムにおけるPMS2の機能を阻害する。アザシチジンやアクチノマイシンDのような化合物は、それぞれDNAメチル化パターンを変化させたり、DNA依存性RNA合成を阻害することによって、PMS2の機能に影響を与える。これらの変化は、MMR経路に関連する遺伝子を含むDNA修復に関与する遺伝子の転写に影響を与え、それによって間接的にPMS2を阻害する可能性がある。さらに、ドキソルビシン、マイトマイシンC、アムサクリンなどの薬剤は、DNAにインターカレートしたり、DNA切断複合体を形成したりして作用する。これらの相互作用は複雑なDNA損傷を引き起こし、PMS2の機能を含め、MMRシステムの効率と能力を脅かす。
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