ペルオキシン19の化学的阻害剤は、最終的にペルオキシソーム生合成におけるタンパク質の役割を破壊する様々なメカニズムで機能し、特にその脂質化プロセスと膜会合に影響を与える。トリアクシンCは、長鎖アシル-CoA合成酵素を標的とすることで、ペルオキシン19の脂質化に不可欠なアシル-CoAの不足を引き起こす。セルレニンとC75は共に脂肪酸合成酵素阻害剤であり、ペルオキシン19の機能的脂質修飾の前提条件であるアシル-CoA産生のための脂肪酸の利用可能性を減少させる。同様に、カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ1を阻害するペルヘキシリンとエトモキシルは、脂肪酸酸化を減少させる。このため、アシル-CoAの生産が制限され、ペルオキシン19の機能に必要な脂質化が損なわれる。マロニル-CoAはCPT1の天然の阻害基質として働き、アシル-CoAプールの減少につながるレベルまで上昇し、ペルオキシン19の役割の中心である脂質化プロセスをさらに阻害する。
さらに、2-ブロモパルミチン酸は、アシル-CoA合成とそれに続くペルオキシン19の脂質化に重要な脂肪酸代謝を直接阻害する。ツニカマイシンは、ペルオキシン19に直接影響しないが、小胞体ストレスを誘導し、細胞内タンパク質の輸送に連鎖的な影響を及ぼし、間接的にペルオキシン19のペルオキシソームタンパク質輸入機能を阻害する。ブレフェルジンAはゴルジ装置機能を破壊し、モネンシンはリソソームとゴルジのpH勾配を変化させるが、これらはどちらも間接的にペルオキシン19の輸送と機能に影響を与えるプロセスである。トリフルオペラジンは、カルモジュリンとの拮抗作用により、カルシウムシグナル伝達経路を阻害し、ペルオキシン19の膜動態における役割に下流の影響を及ぼす可能性がある。最後に、PPARαアゴニストとしてのWY-14643は、脂質代謝を変化させ、ペルオキシシン19の最適な機能に必要な脂質種と量の変化をもたらし、ペルオキシソームタンパク質輸入におけるタンパク質の活性を間接的に阻害する可能性がある。
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