PCDHB13の活性化は、様々なシグナル伝達経路を調節する様々な化合物によって促進され、その機能的活性を増加させる。サイクリックAMP(cAMP)の細胞内レベルを高める化合物は、アデニルシクラーゼという酵素を直接刺激するか、cAMPの分解を担うホスホジエステラーゼの働きを阻害することによって、サイクリックAMP(cAMP)の細胞内レベルを高める。上昇したcAMPレベルは、プロテインキナーゼAや他のcAMP依存性タンパク質を活性化し、最終的にPCDHB13の活性を高めるシグナル伝達カスケードを増幅する。さらに、ある種の化合物は、受容体を介したcAMP合成の必要性を回避して、これらの経路を直接活性化することにより、cAMPの作用を模倣する。アドレナリン受容体作動薬もまた、この調節に一役買っている。これらの受容体に結合することで、cAMPの産生を誘発し、PCDHB13の活性化につながるシグナル伝達経路をさらに増強する。
さらに、PCDHB13活性は、細胞内カルシウムレベルに影響を与える化合物によっても調節される。例えばカルシウムイオノフォアは、重要なセカンドメッセンジャーであるカルシウムの細胞質濃度を直接上昇させ、PCDHB13に関連するカルシウム依存性のシグナル伝達経路を活性化することができる。L型カルシウムチャネル作動薬もまた、カルシウムの流入を促進することによって、この効果に寄与している。同様に、ある種の一過性受容体電位(TRP)チャンネルが特定のアゴニストによって活性化されると、細胞内にカルシウムが流入し、その結果PCDHB13が活性化される。
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