プロトカドヘリンβ(PCDHB)の化学的阻害剤は、それが作用する細胞環境を変化させることにより、タンパク質の機能に影響を与える可能性がある。パルミトレイン酸は細胞膜に取り込まれることにより、膜の流動性を変化させ、細胞間接着を仲介するPCDHBの能力に影響を与える可能性がある。同様に、コレステロールが膜構造の維持に重要な役割を果たすということは、その調節がPCDHBの機能の変化につながることを意味する。膜コレステロールの増加はPCDHBの接着特性を増強し、減少はそれを阻害する。メチル-β-シクロデキストリンは、細胞膜からコレステロールを抽出することにより、脂質ラフトを破壊し、ひいてはPCDHBの安定性と局在性を破壊する。GW4869はスフィンゴミエリナーゼを標的としている。スフィンゴミエリナーゼはスフィンゴミエリンの代謝に関与する酵素で、PCDHBに関連する膜構成やシグナル伝達経路に影響を与える脂質である。スフィンゴミエリンレベルの変化は膜のダイナミクスを変化させ、PCDHBの機能に影響を与える可能性がある。
さらにPCDHBに影響を与えるのは、その制御に重要な酵素やシグナル伝達経路を標的とする阻害剤である。マヌマイシンAは、ファルネシルトランスフェラーゼを阻害することにより、PCDHBと相互作用するタンパク質のプレニル化と膜会合に影響を与え、そのシグナル伝達能力を調節することができる。PP2はSrcファミリーキナーゼ阻害剤として、PCDHBを含む接着分子の機能を制御するキナーゼ活性を変化させることができる。PI3K阻害剤LY294002とEGFRチロシンキナーゼ阻害剤PD168393は、PCDHBを介した細胞間接着を制御する下流のシグナル伝達経路を破壊することができる。Y-27632とML7は、それぞれROCKとミオシン軽鎖キナーゼの阻害剤として、細胞接着におけるPCDHBの役割に不可欠な細胞骨格ダイナミクスに影響を与えることができる。ブレビスタチンによるミオシンII ATPアーゼ活性の阻害は、細胞収縮力と接着力を変化させ、PCDHBの機能が依存する機械的な力に影響を与える可能性がある。最後に、ゲニステインは様々なチロシンキナーゼを阻害することにより、PCDHBのリン酸化状態に影響を与え、それによって細胞間接着における活性を調節することができる。これらの阻害剤はそれぞれ、細胞生化学とシグナル伝達の異なる側面に作用することで、細胞接着プロセスにおけるPCDHBの機能的役割に影響を与える可能性がある。
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