nm23-M6の化学的阻害剤には、その酵素およびDNA結合機能を異なるメカニズムで阻害する様々な化合物が含まれる。例えばエラグ酸は、タンパク質の活性に不可欠な補因子であるMg2+やCa2+のような必要な二価陽イオンをキレートすることによって、nm23-M6のヌクレオシド二リン酸キナーゼ活性を阻害することができる。より直接的なアプローチであるスラミンは、nm23-M6のキナーゼ機能に重要なヌクレオチド結合部位に結合し、その活性を阻害する。ゲニステインはnm23-M6のキナーゼドメインでATPと競合し、タンパク質の機能の中心であるリン酸基の移動を妨げる。インターカレート剤であるサンギナリンとベルベリンは、nm23-M6のDNA結合能を阻害することができる。
DNAとの相互作用というテーマを続けると、カフェ酸は抗酸化物質として働くことでnm23-M6を阻害し、DNA修復機能を持つタンパク質を活性化させる酸化ストレスを軽減することができる。クルクミンはnm23-M6に結合し、そのコンフォメーションを変化させ、酵素活性を阻害する可能性がある。同様に、エピガロカテキンガレート(EGCG)はnm23-M6の活性部位でヌクレオチドと競合し、そのキナーゼ活性を阻害する。ロスマリン酸は、DNA修復におけるタンパク質の機能の重要な要素であるDNAとの相互作用を阻害する可能性がある。レスベラトロールは、ヌクレオチド結合部位を阻害することによってnm23-M6と相互作用する。ケルセチンは、キナーゼ活性に必要な金属イオンをキレートし、DNAに対する親和性を変化させることによってnm23-M6を阻害することができる。最後に、オルソバナジン酸ナトリウムは、リン酸基に対する競合的阻害剤として機能し、細胞のエネルギー伝達とシグナル伝達における役割に不可欠なnm23-M6のリン酸化活性を阻害する。これらの化学物質はそれぞれ、ヌクレオチドやDNAと結合する能力を阻害することによって、あるいはキナーゼ活性を変化させることによって、nm23-M6の機能阻害をもたらす戦略を採用している。
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