nm23-H5の化学的阻害剤は、このタンパク質が関与するヌクレオチド代謝とDNA合成の様々な側面を標的とすることにより、その機能を破壊することができる。例えば、アロプリノールはキサンチンオキシダーゼを阻害し、nm23-H5のヌクレオシド二リン酸キナーゼ活性にとって重要な基質の産生を減少させる。この基質の利用可能性の制限は、DNA合成と修復に必要なヌクレオチドのバランスを維持するnm23-H5の能力に直接影響する。同様に、チオプリノールはプリン異化を減少させる作用があり、これはnm23-H5の基質プールを減少させ、それによって酵素機能を阻害すると予想される。6-チオグアニンと5-フルオロウラシルはともにヌクレオチドアナログに代謝され、nm23-H5の基質であり相互作用の標的となりうるDNAとRNAの合成に関与する酵素を阻害する。これらのアナログの統合は、nm23-H5が関連する核酸プロセスを破壊し、それによってその機能を阻害する可能性がある。
メトトレキサートとアザチオプリンは、プリン合成に重要な酵素を阻害することにより、nm23-H5のキナーゼ活性に不可欠なプリンヌクレオチドの利用可能性を低下させることにより作用する。ミコフェノール酸とリバビリンは、イノシン一リン酸デヒドロゲナーゼを特異的に標的とするため、グアニンヌクレオチドが減少し、nm23-H5がヌクレオチド代謝で果たす役割を損なう可能性がある。ヒドロキシ尿素によるリボヌクレオチド還元酵素の阻害は、DNA合成に重要なデオキシリボヌクレオチドプールを減少させ、DNA複製と修復機構におけるnm23-H5の関与に影響を与える。クラドリビン、クロファラビン、およびフルダラビンは、DNAポリメラーゼおよび他のDNA合成酵素を阻害するヌクレオシドアナログであり、それによってnm23-H5が関与するDNA修復および合成経路を妨害する。これらのアナログがDNAに取り込まれると、鎖切断や誤ったDNA複製を引き起こす可能性があり、最終的には、これらの修飾ヌクレオチドが存在するとその役割を効果的に果たすことができなくなるため、nm23-H5の機能が阻害される。
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