NDST3活性化物質は、様々なシグナル伝達経路を通じて間接的にNDST3の機能的活性を増強する多様な化合物からなる。フォルスコリン、イソプロテレノール、db-cAMP、IBMX、N6-ベンゾイル-cAMPなどの化合物は、細胞内のcAMPを上昇させ、PKAの活性化につながる。PKAは、NDST3活性を制御する過程に関与する基質をリン酸化し、それによってその機能を高めることができる。同様に、カルシウムイオノフォアであるイオノマイシンとA23187は、いずれも細胞内カルシウムレベルを上昇させ、NDST3活性を調節するカルシウム依存性のシグナル伝達カスケードを活性化する。Bay K8644は、L型カルシウムチャネルアゴニストとして作用することで、カルシウムを介したNDST3の機能増強にも寄与している。
さらに、PKC活性化因子としてのPMAと、キナーゼ阻害作用を持つEGCGはそれぞれ、NDST3に下流から影響を及ぼすシグナル伝達経路の制御に寄与している。これらの効果には、NDST3と相互作用するタンパク質のリン酸化や、間接的にNDST3の機能的役割を高める細胞内プロセスの変化が含まれる。スフィンゴシン-1-リン酸は、脂質シグナル伝達におけるその役割を通して、NDST3が関与する経路に影響を及ぼす受容体を活性化する可能性がある。
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