クロロキン、バフィロマイシンA1、塩化アンモニウム、コンカナマイシンAなどの化合物は、リソソームのpHを上昇させることが知られている。pHの上昇はリソソーム内の酸性度を低下させるが、これはNAGPAの活性にとって有害である。バフィロマイシンA1やコンカナマイシンAのようなV-ATPase阻害剤は、ライソゾーム内部を酸性に保つプロトンポンプを特異的に標的とするため、間接的にNAGPAを阻害する。リューペプチン、E64d、Z-VAD-FMKのような他の化学物質は、それぞれリソソームのプロテアーゼ活性とアポトーシス経路を変化させる。これらの変化は、リソソームタンパク質の異化に変化をもたらし、この過程におけるNAGPAの役割に間接的に影響を及ぼす可能性がある。Swainsonine、Castanospermine、Deoxynojirimycinなどの糖タンパク質のプロセッシングに影響を与える化合物は、糖タンパク質の修飾に関与する酵素を阻害する。そうすることで、間接的にNAGPAの基質の利用可能性に影響を与え、その結果、NAGPAの活性に影響を与えることができる。モネンシンのようなイオノフォアはリソソームのイオン恒常性を破壊し、NAGPAを含むリソソーム酵素に二次的な影響を及ぼす可能性がある。メチル-β-シクロデキストリンは、コレステロールを減少させることにより、脂質ラフトを破壊し、間接的にリソソーム機能に影響を与え、NAGPA活性を変化させる可能性がある。
全体として、NAGPA阻害剤のクラスは間接的な作用機序を特徴とし、NAGPAに直接結合するのではなく、NAGPAが適切に機能するために重要な細胞内プロセスや環境を標的とする。クロロキン、バフィロマイシンA1、塩化アンモニウム、コンカナマイシンAなどの化合物は、リソソームのpHを上昇させることが知られている。pHの上昇はリソソーム内の酸性度を低下させるが、これはNAGPAの活性にとって有害である。バフィロマイシンA1やコンカナマイシンAのようなV-ATPase阻害剤は、ライソゾーム内部を酸性に保つプロトンポンプを特異的に標的とするため、間接的にNAGPAを阻害する。リューペプチン、E64d、Z-VAD-FMKのような他の化学物質は、それぞれリソソームのプロテアーゼ活性とアポトーシス経路を変化させる。これらの変化は、リソソームタンパク質の異化に変化をもたらし、このプロセスにおけるNAGPAの役割に間接的に影響を及ぼす可能性がある。
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