MS4A6E阻害剤には、様々な生化学的および細胞メカニズムを通じてMS4A6Eの活性に間接的に影響を及ぼす様々な化合物が含まれる。例えば、エピガロカテキンガレート(EGCG)やクルクミンなどの化合物は、MS4A6Eを含む遺伝子発現の既知の調節因子であるNF-κBシグナル伝達経路を調節することによって阻害作用を発揮する。この経路を阻害することにより、これらの化合物はMS4A6Eの転写とそれに続くタンパク質レベルを低下させることができる。
MS4A6Eを阻害するもう一つのアプローチは、細胞のシグナル伝達とエネルギー状態に影響を与えることである。LY294002、ラパマイシン、ニクロサミドのような化合物は、それぞれ重要な細胞内シグナル伝達経路(PI3K/ACT、mTOR)とエネルギー産生プロセス(酸化的リン酸化)を破壊する。これらの経路の破壊は、MS4A6Eの最適な機能に必要な細胞条件を変化させることにより、MS4A6Eの全体的な機能活性の低下につながる可能性がある。
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