MS4A6Eには、タンパク質の活性化につながる様々な細胞内シグナル伝達経路を開始することができる様々な化合物が含まれている。フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)は、プロテインキナーゼC(PKC)を直接活性化することが知られており、このPKCはMS4A6Eをリン酸化し、その機能的活性化につながる。同様に、ジアシルグリセロール(DAG)の合成類似体である1,2-ジオクタノイル-sn-グリセロール(DiC8)は、PKCの活性化剤として機能し、活性化されるとMS4A6Eを標的とする可能性がある。ブリオスタチン1もPKCに関与し、このキナーゼに結合して活性化する能力が認められており、MS4A6Eのリン酸化とそれに続く活性化を促進する可能性がある。もう一つの化合物であるイオノマイシンは、細胞内カルシウムレベルを上昇させることで機能し、PKCの活性を高めることができるため、MS4A6Eの活性化に関与している。
フォルスコリンは、cAMPレベルを上昇させることで、プロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、リン酸化イベントを通じてMS4A6Eの活性化につながる可能性がある。βアドレナリン受容体作動薬であるイソプロテレノールは、細胞内cAMPを増加させ、PKAを活性化し、その結果、MS4A6Eを活性化することができる。レチノイン酸は、細胞分化を調節する役割を通じて、MS4A6Eが関与するシグナル伝達経路の活性化につながる可能性がある。上皮成長因子(EGF)や血小板由来成長因子(PDGF)などの成長因子は、それぞれの受容体を活性化し、MS4A6Eの活性化につながる事象のカスケードを開始する。インスリンは、その受容体に結合すると、MS4A6Eの活性化につながる一連の下流シグナル伝達カスケードを開始することができる。アニソマイシンは、ストレス活性化プロテインキナーゼの活性化因子として、MS4A6Eの活性化をもたらす可能性がある。最後に、BAY 11-7082によるNF-κBの阻害は、PKC上の阻害性リン酸化を減少させ、MS4A6Eの活性化を可能にするかもしれない。これらの化学物質はそれぞれ、MS4A6Eの機能的活性化を促進するために特定の細胞経路に関与し、このタンパク質が制御され得る多様なメカニズムを示している。
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