MS4A13阻害剤の作用機序は多様であり、MS4A13の機能的活性に間接的に影響を及ぼすために、様々なシグナル伝達経路や細胞内プロセスを標的とする。スタウロスポリンやゲニステインのようなキナーゼ阻害剤は、細胞膜上のMS4A13の活性化や安定化にしばしば必須であるリン酸化事象を標的とする。これらのキナーゼを阻害することで、MS4A13のリン酸化とそれに続く機能が損なわれ、活性の低下につながる可能性がある。同様に、ブレフェルジンAやモネンシンなどの細胞内輸送やタンパク質輸送を阻害する薬剤は、MS4A13の機能的活性の重要な決定因子である細胞膜への正しい局在化を妨げる可能性がある。ブレフェルジンAによるタンパク質ADPリボシル化因子の阻害や、モネンシンによる細胞内pHとナトリウム勾配の破壊は、それによって間接的にMS4A13活性の低下につながる可能性がある。
MS4A13の機能に影響を与える細胞内シグナル伝達カスケードも阻害の標的である。例えば、タプシガルギンは、細胞内のCa^2+貯蔵量を枯渇させることにより、MS4A13と相互作用するCa^2+依存性キナーゼに影響を与えうる。一方、U0126とPD168393は、それぞれMAPK/ERK経路とEGFR経路に影響を与え、MS4A13のリン酸化と機能を低下させる可能性がある。LY294002とwortmanninはPI3K阻害剤であり、AKTリン酸化を低下させることができる。AKTリン酸化は、タンパク質の輸送やシグナル伝達など、MS4A13に関与すると思われるものを含む細胞機能の様々な側面にとって重要である。同様に、mTORシグナル伝達は、タンパク質合成と細胞増殖の制御に関与しており、ラパマイシンによるその阻害は、MS4A13の機能的活性に下流で影響を及ぼす可能性がある。JNKとp38 MAPKをそれぞれ阻害するSP600125とSB203580は、MS4A13の発現や活性を制御する転写因子やストレス応答機構に影響を与える可能性がある。
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