MHCクラスⅡβ活性化物質には、様々な細胞シグナル伝達経路や制御機構に関与することによって、MHCクラスⅡβ発現のアップレギュレーションを引き起こすことができる多様な化合物が含まれる。このグループには、ポリI:Cのような核酸の合成アナログのような分子が含まれ、トール様受容体に関与して自然免疫経路を活性化する。また、低分子のイミキモドのように、toll様受容体7を特異的に活性化し、免疫遺伝子発現の重要な制御因子である転写因子NF-κBを動員することによって効果を発揮するものもある。アブラナ科の野菜に含まれるスルフォラファンなどの化合物は、細胞ストレス応答経路を調節し、免疫遺伝子を取り巻くクロマチンランドスケープに影響を与えることができる。トリコスタチンAのようなヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、MHCクラスII遺伝子座のクロマチンを弛緩させ、遺伝子の転写を促進することにより、このクラスに貢献している。フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテートに代表されるフォルボールエステルは、プロテインキナーゼCの活性化剤として機能し、プロテインキナーゼCは細胞外シグナルを伝達して遺伝子発現を変化させるという多彩な役割を果たす。
この化学物質クラスには、MAPK経路を活性化し、細胞ストレス応答に影響を与えるアニソマイシンのような化合物もある。このクラスにはさらに、ルキソリチニブやイデラリシブなど、シグナル伝達に関与するキナーゼに作用することで、特定の条件下で免疫遺伝子の発現を調節することができる標的低分子阻害剤も含まれる。フォルスコリンは、細胞内のcAMPを上昇させ、それによってMHCクラスⅡの遺伝子を含む広範な遺伝子の発現を促進する転写因子であるCREBを活性化する作用がある。塩化リチウムのようなGSK-3阻害剤もこのカテゴリーに属し、NF-κBのような転写因子の活性を高める。さらに、カプサイシンのような天然化合物は神経免疫相互作用に関与し、免疫機能遺伝子の発現に調節作用を及ぼすことができる。
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