MEIKIN阻害剤は、適切な動原体の機能、染色体の整列、分離を確実にするためにMEIKINと相互作用するプロセスやタンパク質を特異的に標的とすることで、減数分裂の制御において重要な役割を果たしている。これらの阻害剤には、微小管ダイナミクスを不安定にする化学物質が含まれ、MEIKINが染色体分離においてその役割を果たすのに不可欠な紡錘体装置の正しい組み立てを妨げる。微小管を極端に安定化させるか、あるいは完全に解重合させることによって、動原体と微小管の接着に必要な動的バランスが崩れ、MEIKINの機能が紡錘体の構造的完全性に深く関わっていることから、間接的な阻害につながる。さらに、オーロラBやPlk1のような特定のキナーゼを標的とする阻害剤も、減数分裂の際にMEIKINが局在し活性を発揮するための必須条件であるキネトコアタンパク質のリン酸化を阻害することによって、重要な役割を果たしている。
MEIKINのさらなる間接的阻害は、紡錘体チェックポイントシグナル伝達と中心体機能を阻害する化学物質の使用によって達成される。Mps1のような重要な制御キナーゼの活性を阻害したり、BubR1のようなコンポーネントの機能を破壊したりする阻害剤は、紡錘体チェックポイントの適切な制御を維持することができず、それによって減数分裂プロセスにおけるMEIKINの役割に影響を及ぼす。細胞周期を停止させるサイクリン依存性キナーゼ阻害剤も、MEIKINが活性化する段階である減数分裂に細胞が入るのを妨げるため、間接的にMEIKINに影響を与える。
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