MBOAT2の化学的阻害剤には、強力なリパーゼ阻害剤として知られるオルリスタットがある。リパーゼを阻害することにより、オルリスタットは、MBOAT2が制御する重要なプロセスであるグリセロ脂質への脂肪アシル基の転移を阻害する。この阻害は、MBOAT2が脂質代謝に関与する能力を制限することにより、MBOAT2の機能的活性を効果的に低下させる。同様に、セルレニンとC75は脂肪酸合成経路を標的とする。セルレニンは脂肪酸合成酵素を阻害することにより作用し、MBOAT2の基質となる脂肪酸のレベルを減少させる。基質の利用可能性が減少すると、MBOAT2の酵素作用が直接的に低下する。C75も同じ原理で作用し、脂肪酸合成酵素が阻害されるとMBOAT2の基質が不足するため、MBOAT2の作用が機能的に阻害される。ベツリン酸はステアロイル-CoAデサチュラーゼを阻害することで、脂質組成に変化をもたらす。これらの変化は、MBOAT2の基質プールの減少をもたらし、その結果、MBOAT2の活性が制限されることから、ベツリン酸による機能阻害が強調される。
これらの基質に焦点を当てた阻害剤に加えて、トリアクシンCはアシル-CoA合成酵素を標的とし、アシル-CoAプールの減少をもたらす。この減少は、MBOAT2が酵素活性をこれらの分子に依存しているため、MBOAT2に直接影響する。ツニカマイシンは、膜タンパク質のフォールディングと機能に不可欠なプロセスであるN-結合型グリコシル化を阻害し、MBOAT2の適切な機能を損なう可能性がある。Suraminは、成長因子と受容体の相互作用を破壊し、MBOAT2の機能に不可欠なシグナル伝達経路を変化させることにより、MBOAT2の活性低下につながる可能性がある。PD 169316とLY294002はキナーゼ経路に作用する;PD 169316はp38 MAPKを阻害し、MBOAT2のリン酸化と活性を低下させる可能性がある;一方、LY294002はPI3K/AKT経路を阻害し、MBOAT2のようなタンパク質のリン酸化状態と活性に影響を与える。GW4869は、セラミドのレベルと脂質ラフトの構造を破壊し、MBOAT2の機能にとって重要な脂質微小環境を変化させることにより、MBOAT2の活性を低下させる可能性がある。同様に、フィリピンIIIはコレステロールに結合して脂質ラフトを変化させ、MBOAT2の活性を阻害する。最後に、ブレフェルジンAはゴルジ装置とタンパク質輸送を破壊し、細胞膜構造内でのMBOAT2の適切な局在と機能を阻害する可能性がある。
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