MBD3L4阻害剤は、主にDNAのメチル化状態に影響を与えることにより、MBD3L4の機能的活性に影響を与える化合物のクラスである。これらの化合物の阻害作用は、DNAメチル化酵素を直接阻害するか、DNAに取り込まれて酵素を捕捉し、DNAのメチル化レベルを低下させる能力に根ざしている。このメチル化の減少は、MBD3L4が細胞内での役割の中心であるメチル化DNAを認識して結合する能力を阻害する可能性がある。
5-アザシチジン、RG108、プロカインアミドなどの化合物は、DNAメチルトランスフェラーゼ活性を阻害することによって作用し、MBD3L4が通常認識するメチル化マークを減少させると予想される。その結果、MBD3L4とそのDNA標的との相互作用が減少し、タンパク質の正常な活性が効果的に阻害される可能性がある。ヒドラジンやデシタビンなどの他の阻害剤もDNAの脱メチル化に寄与し、メチル化DNA領域からのMBD3L4の解離をさらに促進する。さらに、SGI-1027やジスルフィラムのような化合物はDNAにメチル基を付加する酵素活性を阻害し、MBD3L4の機能を制限する。ナナオマイシンAは、DNMT3Bを特異的に標的とする一方で、緑茶由来の天然化合物であるEGCGとともに、MBD3L4が利用できるメチル化基質を減少させることで同様の結果をもたらす。
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