MBD3L2 阻害剤は、MBD3L2 機能の重要な決定因子である DNA のメチル化状態に影響を与える化合物の集合体である。MBD3L2はメチル化DNAと結合することが知られており、DNA上のメチル基の存在はその活性に必須である。5-アザシチジンやデシタビンなどの化学物質はヌクレオシドアナログとして作用し、複製中にDNAに取り込まれ、DNAメチルトランスフェラーゼ(DNMT)を阻害する。その結果、DNAのメチル化レベルが全体的に低下し、MBD3L2が結合に必要とするメチル化マークが減少する。その結果、MBD3L2は正常なメチル化DNA標的を効果的に認識して結合することができなくなり、機能的活性が阻害される。
RG108やSGI-1027のような他の化合物は、DNMTを直接標的とする非ヌクレオシド阻害剤であり、DNA鎖に組み込まれることなくDNAにメチル基を付加するのを阻害する。DNMTの働きを阻害することで、これらの化合物はDNAがメチル化されないようにし、MBD3L2がDNAに結合する能力を損なう。同様に、エピガロカテキンガレート、ケルセチン、オレウロペイン、クルクミンなどの天然化合物も、DNMTを捕捉したり、酵素活性を阻害したり、DNMTの発現を変化させたりといった様々なメカニズムを通じて、DNAメチル化の抑制に寄与する。これらの作用によりDNAのメチル化が低下し、MBD3L2とその典型的なメチル化DNA基質との相互作用が阻害される。MBD3L2の通常の生物学的役割はこの相互作用に依存しているため、MBD3L2がメチル化DNAと相互作用できないことは、その活性の機能的阻害につながる。これらの化合物は、その様々な作用機序により、MBD3L2のメチル化依存的なDNAへの結合を確実に減少させ、MBD3L2が通常活性を示す細胞内状況において、MBD3L2の機能的役割を阻害する。
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