肥満細胞プロテアーゼの化学的阻害剤には、タンパク質の酵素活性を直接阻害する様々な化合物が含まれる。ガベキサートメシレートとナファモスタットメシレートは、どちらも合成セリンプロテアーゼ阻害剤であり、酵素の活性部位に結合することによってマスト細胞プロテアーゼを阻害し、基質へのアクセスを阻害し、その結果、タンパク質分解機能を停止させる。この阻害様式は、活性部位への結合において天然の基質と競合し、プロテアーゼの基質処理能力を阻害する阻害剤であるベンズアミジンにも採用されている。アプロチニンは小さなタンパク質であるが、マスト細胞プロテアーゼと安定した複合体を形成することで同様の働きをし、その結果、タンパク質の酵素活性が阻害される。同様に、ペプチドのアルデヒドであるキモスタチンは、肥満細胞プロテアーゼの活性部位内のセリン残基と共有結合を形成し、酵素の不活性化をもたらす。
これらに加えて、主にマトリックスメタロプロテアーゼを標的とするマリマスタットは、マスト細胞プロテアーゼの活性部位と相互作用し、その活性を阻害することができる。ペプスタチンAはアスパラギン酸プロテアーゼ阻害剤であるが、類似のドメインに結合することでマスト細胞プロテアーゼに関与し、活性を低下させる可能性がある。不可逆的阻害剤であるE-64は、システイン残基の活性部位に共有結合することで作用するが、このメカニズムはマスト細胞プロテアーゼの阻害にも及ぶ可能性がある。もう一つの不可逆的阻害剤であるAEBSFは、マスト細胞プロテアーゼの活性部位セリンを修飾し、そのタンパク質分解活性を停止させる。同様に、カモスタットメシル酸塩はマスト細胞プロテアーゼと安定した複合体を形成し、その機能を直接阻害する。抗線溶薬であるトラネキサム酸は、リジン結合部位をブロックすることによってプロテアーゼを阻害し、マスト細胞プロテアーゼの活性を阻害することができる。最後に、セリンプロテアーゼとシステインプロテアーゼの可逆的阻害剤であるリューペプチンは、マスト細胞プロテアーゼの活性部位に結合することで阻害効果を発揮し、基質との結合を阻害してタンパク質分解の役割を果たさなくする。これらの化学物質はそれぞれ、マスト細胞プロテアーゼのタンパク質分解能力の阻害につながる形で相互作用し、これらの化合物がタンパク質の機能性に直接的な影響を与えることを強調している。
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