MAGE-B1の化学的阻害剤は、タンパク質の転写とその後の発現に重要なクロマチン構造の適切な制御を阻害することによって機能する。トリコスタチンA、ボリノスタット、ロミデプシン、パノビノスタット、ベリノスタット、チダミド、エンチノスタット、バルプロ酸、酪酸ナトリウム、AR-42、プラシノスタット、タセシナリンなどのヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤は、ヒストンのアセチル化状態を変化させることが知られている。アセチル化レベルを上昇させることで、これらの阻害剤はクロマチンの凝縮を阻害する。HDAC阻害剤によって誘導されるこの高アセチル化状態は、弛緩したクロマチン構造を引き起こし、MAGE-B1の転写に必要な特定の転写因子や他のタンパク質の結合を妨げる可能性がある。これらの転写因子がMAGE-B1遺伝子のプロモーター領域に結合できないため、転写の開始が阻害され、MAGE-B1タンパク質の産生が減少し、その結果、細胞内での機能が低下する。
さらに、HDAC阻害剤の作用は遺伝子発現に広範な影響を及ぼすが、MAGE-B1への影響は、タンパク質の機能には厳密に制御された転写が必要であるという特異的な要件から生じる。クロマチン構造の変化は、MAGE-B1の転写を阻害するだけでなく、mRNAの転写後修飾や安定性にも影響を与え、タンパク質の合成をさらに低下させる可能性がある。これらの化合物はクロマチンをMAGE-B1の発現に適さない状態に維持するため、タンパク質の機能的な存在を効果的に阻害する。全体的な結果として、活性タンパク質の利用可能性が低下するため、MAGE-B1の活性が低下し、MAGE-B1が関与する細胞プロセスが阻害される細胞環境となる。
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