プロテインキナーゼはシグナル伝達において極めて重要な役割を果たしており、スタウロスポリンやイマチニブのような阻害剤はキナーゼ活性を阻害し、シグナル伝達カスケードを変化させることができる。PI3KとmTORは細胞増殖と生存経路の重要なノードであり、LY294002やラパマイシンなどの化学物質はこれらの経路を抑制し、これらによって制御されるタンパク質に影響を与える可能性がある。PD98059によるMEK阻害、SB431542によるALK5阻害、ZM-447439によるオーロラキナーゼ阻害は、それぞれMAPKシグナル伝達、TGF-βシグナル伝達、細胞周期進行に影響を与える可能性がある。
DNAメチル化は遺伝子発現調節に極めて重要であり、5-アザシチジンはDNAメチル化酵素を阻害することにより遺伝子発現パターンに変化をもたらす。MG132のようなプロテアソーム阻害剤は、タンパク質の蓄積を引き起こし、細胞内のプロテオスタシスを変化させる。QNZは様々な細胞内プロセスに関与する転写因子であり、その活性化を阻害することにより、炎症や生存に関連する遺伝子の転写を制御することができる。JNKシグナル伝達はストレス応答と関連しており、SP600125はこの経路の活性を阻害し、ストレスを介した細胞応答に影響を与えることができる。最後に、エネルギー代謝は細胞生存の基本であり、2-デオキシ-D-グルコースのような阻害剤は解糖を阻害し、細胞内のエネルギー恒常性に影響を与える。
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