フォルスコリンとIBMXは、細胞内の環状ヌクレオチドレベルを上昇させることが知られており、それぞれPKAとPKGを活性化する。これらのキナーゼは様々な基質をリン酸化し、タンパク質活性に変化をもたらす。PMAとイオノマイシンは、PKCとカルシウム依存性タンパク質の典型的な活性化因子であり、タンパク質の機能に対する複数の下流効果をもたらす。LY294002とU0126は、PI3K/AKTとMAPK/ERK経路内の主要なキナーゼを阻害する低分子の例である。これらのキナーゼの阻害は、これらの経路または代替経路内のタンパク質の代償的活性化につながる。
同様に、SB203580とSP600125は、それぞれp38 MAPKとJNKの活性を調節し、これらのキナーゼによって制御される様々なタンパク質に影響を与える。Y-27632、DAPT、ラパマイシンは、それぞれROCK、Notch、mTORといった主要なシグナル伝達経路の特定の構成要素を標的としており、複雑なフィードバックループや制御機構を介してタンパク質の活性化をもたらす。塩化亜鉛は、単純な無機化合物でありながら、金属タンパク質の補因子としての役割を通じて、タンパク質の活性に大きな影響を与えることができる例である。
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