LY294002とラパマイシンは、特定のシグナル伝達経路を阻害する標的アプローチである。前者はPI3Kを阻害することにより、細胞の生存と増殖を支配するシグナルの重要な経路であるAKT経路に影響を与える。一方、ラパマイシンは、細胞増殖の重要な制御因子であるmTORを阻害することで、栄養素やエネルギー状態に対する細胞の反応に関与する下流のタンパク質に影響を与える。ヒストン脱アセチル化酵素を阻害することで、遺伝子発現に変化をもたらし、多くのタンパク質とその機能に影響を与える。このクロマチン構造の変化は、タンパク質の活性を間接的に調節する強力な手段である。
細胞の分化やストレス応答に不可欠なシグナルを伝達するMAPキナーゼ経路は、PD98059、SP600125、U0126、SB203580の標的となる。これらの阻害剤は、MAPK/ERK経路やJNK経路、炎症性のp38 MAPキナーゼ経路を抑制し、これらの経路で制御されるタンパク質に影響を与える。MG132やボルテゾミブなどのプロテアソーム阻害剤は、タンパク質の分解を阻害することにより、タンパク質のレベルを上昇させる。このプロセスは、通常は制御された分解により抑制されているタンパク質の蓄積により、細胞機能に重大な変化をもたらす可能性がある。ダサチニブとソラフェニブは、それぞれSrcキナーゼとRAFキナーゼの阻害剤として、キナーゼ駆動型のシグナル伝達ネットワークに変化をもたらし、細胞の増殖と生存に影響を与える。これらの阻害剤の作用は、直接的な標的以外にも及び、これらの経路内の様々なタンパク質の活性に影響を及ぼす可能性がある。
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