A-769662とロリプラムは、それぞれAMPKとPDE4を調節することによって影響を及ぼし、この両者は、タンパク質の機能に広く関与するセカンドメッセンジャーであるcAMPの調節に関与している。SB 216763とGSK-3阻害剤IXは、GSK-3βに作用することによりWnt/β-カテニンシグナル伝達経路に影響を与え、細胞の増殖と分化に関与するタンパク質の活性に影響を与える。Y-27632によるROCKの阻害は、細胞骨格と細胞運動に関連するタンパク質に影響を与え、BIX 01294によるヒストンメチルトランスフェラーゼのターゲティングは、遺伝子発現プロファイルを変化させ、間接的にタンパク質レベルに影響を与える可能性がある。PD0325901とプエラリンは、それぞれMAPK/ERKシグナル伝達経路とPI3K/Aktシグナル伝達経路を調節することができ、これらの経路によって制御される様々なタンパク質の機能に影響を与える。
ZM-447439のオーロラキナーゼに対する作用は、細胞分裂に関与するタンパク質に影響を与え、LY294002のPI3K阻害作用は、細胞の生存と増殖における下流のタンパク質活性に影響を与える。MG132は、プロテアソームを阻害することにより、通常は分解対象となるタンパク質の蓄積を引き起こし、それらのタンパク質の活性を高める可能性がある。SP600125は、JNK阻害により、ストレス応答とアポトーシスに関与するタンパク質を調節することができる。
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