LETM2と命名されたタンパク質は、その命名法から細胞内プロセスに関与していると考えられ、ロイシンジッパー-EF-ハンド含有膜貫通タンパク質ファミリーに属する既知のタンパク質であるLETM1に関連する機能を示唆している可能性がある。LETMタンパク質は一般的にミトコンドリア機能に不可欠であり、イオンのホメオスタシスやミトコンドリアの形態維持などのプロセスに関与している。もしLETM2が他のLETMファミリーメンバーの特徴を踏襲するならば、ミトコンドリア容積の調節やミトコンドリア内膜を横切る電気化学的勾配の維持に役割を果たしているのかもしれない。LETM2は、それに類似して、カルシウムイオンやマグネシウムイオンなどの陽イオンの輸送に不可欠であり、それによってミトコンドリアの生体エネルギーやシグナル伝達経路に影響を与える可能性がある。
このタンパク質は、カルシウム結合タンパク質に特徴的なEF-ハンドドメインを含んでいる可能性があり、カルシウムシグナル伝達における役割の可能性を示唆している。さらに、ロイシンジッパーモチーフが存在すれば、LETM2がタンパク質間相互作用に関与し、その機能に必須なホモまたはヘテロオリゴマー複合体を形成している可能性がある。LETM2遺伝子の機能不全や変異は、ミトコンドリア障害、細胞エネルギー欠損、あるいは他の病態生理学的状態と関連しているかもしれない。
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