KLHL35阻害剤には、様々なシグナル伝達経路や細胞プロセスを標的とすることにより、KLHL35の活性に間接的に影響を及ぼす様々な化合物が含まれる。例えば、U0126やPD98059のようなMAPK/ERK経路の阻害剤は、KLHL35の機能に必須と思われるシグナル伝達を阻害することができる。もしKLHL35がその活性のためにこの経路を介したリン酸化を必要とするならば、これらの阻害剤は必要なリン酸化事象を妨げることによりKLHL35の機能を低下させる可能性がある。
PI3K阻害剤LY294002やWortmanninのような他の化合物は、成長や生存を含む多くの細胞プロセスの基礎であるPI3K/Aktシグナル伝達経路を変化させることにより、KLHL35の安定性や活性を低下させる可能性がある。MG132やLactacystinのようなプロテアソーム阻害剤は、細胞内にタンパク質の蓄積を引き起こすことによって間接的にKLHL35を阻害し、KLHL35が作用する細胞環境を破壊する可能性がある。さらに、Bisindolylmaleimide IによるプロテインキナーゼCの阻害は、KLHL35が必要とするリン酸化を阻害し、KLHL35の活性を低下させる可能性がある。
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