KBPの化学的阻害剤は、細胞周期制御機構を阻害することにより、阻害作用を発揮することができる。アルスターパウロン、ロスコビチン、オロモウシン、インジルビン-3'-モノオキシムはすべて、細胞周期の進行に重要なサイクリン依存性キナーゼ(CDK)を阻害することが知られている。KBPは細胞周期の制御に関与しているので、これらの化学物質によるCDKの阻害は、その機能が細胞周期の適切な制御と密接に結びついていることから、KBP活性の低下につながる可能性がある。例えば、アルスターパウロンは、CDKのキナーゼ活性を直接標的とすることにより、細胞が細胞周期の様々な段階を経るのに必要な基質のリン酸化を阻害する。同様に、RoscovitineとOlomoucineは、細胞周期に関与するタンパク質を制御するCDKを標的とし、これらのキナーゼを阻害することで、細胞周期内でのKBPの関連活動を阻害することができる。
これらに加えて、Purvalanol A、Flavopiridol、SNS-032のような化学物質もCDKを阻害することが知られており、細胞周期のダイナミクスを変化させることによってKBPの機能を阻害することをさらに裏付けている。例えば、フラボピリドールは、複数のCDKを阻害し、細胞周期の進行を阻害し、その結果、細胞周期の制御に関連するKBPの機能を阻害する。Dinaciclib、AZD5438、Milciclibは広範なCDKを標的としており、そうすることによって、細胞が細胞周期を進むのを妨げ、その結果、このプロセスに関与するタンパク質の活性を阻害することによって、同様のメカニズムでKBPの機能を阻害することができる。CDKに対するこれらの阻害剤の特異性により、細胞周期の上流イベントが阻害される結果、KBPの活性は確実に抑制される。R-roscovitineとAT7519がCDK阻害剤のリストに加わり、R-roscovitineは細胞周期制御に必要な標的のリン酸化を阻害し、KBPを阻害することができるもう一つの強力な阻害剤である。AT7519はマルチCDK阻害剤として、KBPが関与する細胞周期チェックポイントの制御と細胞周期全体の進行を阻害することにより、KBPの機能を阻害することができる。
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