HtrA4活性化剤には、細胞内シグナル伝達経路の調節を通じて効果を発揮し、それによって間接的にセリンプロテアーゼHtrA4の活性に影響を及ぼす化合物が含まれる。これらの活性化剤には、アデニル酸シクラーゼ活性化剤、キナーゼ阻害剤、ホスファターゼ阻害剤、イオノフォアなどが含まれ、HtrA4と直接相互作用することはないが、その活性化を助長するような細胞条件を作り出す。例えば、フォルスコリンやイオノマイシンのような化合物は、それぞれ二次メッセンジャーであるcAMPとCa2+のレベルを上昇させ、タンパク質のリン酸化につながる下流のシグナル伝達イベントを引き起こす。このようなリン酸化現象は、HtrA4の相互作用を変化させ、プロテアーゼ活性を高める可能性がある。
U0126、SB203580、LY294002、PD98059、SP600125のような阻害剤は、特定のキナーゼ経路を阻害することによって機能し、その結果、ストレス応答機構のアップレギュレーションや細胞恒常性の変化を引き起こす可能性がある。さらに、プロテアソーム阻害剤MG132は、ミスフォールドあるいは損傷したタンパク質の蓄積を引き起こし、その結果、細胞のプロテオスタシスを維持するためにHtrA4活性の増加が必要となる可能性がある。
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