トリコスタチンA、酪酸ナトリウム、SAHA(ボリノスタット)などのヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、ヒストンのアセチル化レベルを高め、ヒストンH2BMとクロマチンリモデリングにおけるその役割に影響を与える。アセチル化が進むと、一般にクロマチン構造がよりオープンになり、遺伝子の転写が促進される。対照的に、ヒストンメチル化酵素(MethylstatやBIX-01294など)やDNAメチル化酵素(5-アザシチジンやRG108など)の阻害剤は、メチル化の状況を変化させ、間接的にヒストンH2BMや遺伝子発現制御に影響を与える。
複数の細胞内経路に影響を及ぼすクルクミンや、BETブロモドメインを標的とするJQ1のような化合物は、クロマチンダイナミクスを調節し、ヒストンH2BMに影響を及ぼす広範なアプローチを示している。アナカルジン酸、ジスルフィラム、C646を含むヒストンアセチルトランスフェラーゼの阻害剤もヒストンアセチル化の制御に寄与し、間接的にクロマチン構造におけるヒストンH2BMの機能と役割に影響を与えている。
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