hCAP-H阻害剤として分類される化学物質は、有糸分裂機能と染色体構造を間接的に阻害する様々な化合物を包含する。これらの阻害剤はhCAP-Hを直接標的にするのではなく、有糸分裂時に染色体の適切な凝縮と分離を促進する細胞プロセスやシグナル伝達経路を変化させることにより、タンパク質の機能に影響を与える。パクリタキセルやビンブラスチンのような化合物は微小管ネットワークに作用し、これは有糸分裂の紡錘体の組み立てに必須である。微小管を安定化または不安定化することにより、これらの化合物は紡錘体装置の適切な機能を破壊し、それによって染色体の凝縮と安定化におけるhCAP-Hの役割に間接的に影響を与える可能性がある。
ノコダゾールとモナストロールは、それぞれ紡錘体の形成と機能に重要な微小管ダイナミクスとキネシンモーターを標的とすることで同様の効果を発揮する。BI 2536とS-トリチル-L-システインは、それぞれPlk1とモータータンパク質Eg5のような主要な有糸分裂キナーゼに作用する。これらの阻害は紡錘体の組み立てと機能の欠損を引き起こし、間接的にhCAP-Hの機能を阻害しうる。オーロラキナーゼはhCAP-H阻害剤のもう一つの重要な標的である。ZM447439、VX-680、Arisertibなどの化合物は、染色体の整列と分離に極めて重要なオーロラキナーゼ活性を阻害する。これらのプロセスを阻害することにより、化合物は間接的にhCAP-Hの機能に影響を及ぼし、それは有糸分裂中の染色体構造の維持に極めて重要である。ミトキサントロンとアムサクリンは、DNA複製と脱分化に関与するトポイソメラーゼIIを標的としており、この過程は染色体の適切な凝縮と分離の基本である。
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