GMCL1L阻害剤は、主にユビキチン・プロテアソーム系(UPS)およびオートファジー-リソソーム経路の阻害に関与する様々な化合物から構成され、これらはいずれも細胞内でのタンパク質の分解と回転に重要である。MG132、ボルテゾミブ、ベルケイド、ラクタシスチン、ウィザフェリンA、エポキソマイシン、オプロゾミブ、カーフィルゾミブなどのプロテアソーム阻害剤は、26Sプロテアソームの機能を阻害し、ユビキチン化タンパク質の蓄積を引き起こす。この蓄積は、GMCL1LのようなUPSの一部または関連するタンパク質に間接的に影響を及ぼす可能性がある。UPSの阻害はタンパク質のホメオスタシスの変化をもたらし、GMCL1Lを含む様々なタンパク質の安定性と機能に影響を及ぼす可能性がある。
逆に、クロロキン、3-メチルアデニン、塩化アンモニウムのような化合物は、オートファジー-リソソーム経路を標的とする。クロロキンや3-メチルアデニンは、オートファジーの異なる段階を阻害することが知られており、このプロセスはUPSと連携してタンパク質の分解や細胞の恒常性を制御することができる。塩化アンモニウムは、リソソーム内のpHを上昇させ、リソソーム内のタンパク質分解を担う酵素を阻害することで機能する。これらの経路に影響を与えることにより、これらの阻害剤は間接的にGMCL1Lが活動する細胞内状況に影響を与えることができる。さらに、MLN4924はNEDD8活性化酵素を阻害し、UPSに関与するタンパク質を修飾し、GMCL1Lと相互作用する可能性のあるネディル化プロセスに影響を与える。
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