Zfp469阻害剤には、DNA-タンパク質相互作用や転写調節機構を変化させることにより、間接的にZfp469の機能に影響を与えることができる化合物の範囲が含まれる。このグループには、5-アザシチジンのようなDNAメチル化酵素阻害剤が含まれ、DNAのメチル化状態を変化させ、Zfp469のDNA結合能力に影響を与える可能性がある。トリコスタチンAやSAHAなどのヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、クロマチン構造を変化させ、Zfp469の標的DNA配列へのアクセス性に影響を与える可能性がある。
クロロキンやダウノルビシンのようなDNAインターカレート剤は、DNAの複製や転写のプロセスを阻害する可能性があり、それによってDNAの中で機能するZfp469の活性を変化させる可能性がある。ミトラマイシンAとエキノマイシンは特定のDNA配列に結合し、Zfp469の結合部位をブロックしてその機能を阻害する可能性がある。さらに、アクチノマイシンDとα-アマニチンは、RNAポリメラーゼを阻害することで転写機構を標的とし、Zfp469の転写調節活性に下流から影響を及ぼす可能性がある。
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