GLB1L2は、様々な生化学的経路を通じて、その酵素活性の調節を促進することができる。例えば、ビスフェノールAは、エストロゲン受容体に結合することによってその効果を発揮し、リソソーム分解経路内の酵素のアップレギュレーションにつながると考えられる。このエストロゲン受容体との相互作用は、GLB1L2の酵素活性を高める可能性があり、酵素の機能的能力に直接影響を与えていることが示唆される。同様に、ゲニステインはチロシンキナーゼ阻害剤として作用することで、リソソーム酵素活性をアップレギュレートすることができる。これは、通常リソソーム機能をダウンレギュレートする経路を阻害することによって達成され、それによってGLB1L2の活性化を助長する環境を作り出す。別の化合物であるメチル-β-シクロデキストリンは、細胞膜からコレステロールを抽出し、リソソーム膜組成を変化させる可能性がある。このような変化は、GLB1L2周辺の微小環境の変化につながり、結果としてこの酵素の活性を高める可能性がある。
フォルスコリンはGLB1L2の活性にさらに影響を及ぼし、アデニル酸シクラーゼを活性化することで細胞内イベントのカスケードを開始し、cAMPレベルを上昇させ、続いてプロテインキナーゼA(PKA)を活性化する。PKAは次に、リソソーム活性の制御に関与するタンパク質をリン酸化する能力を持ち、これにはGLB1L2の活性化も含まれる。プロスタグランジンE2も、受容体を介したシグナル伝達を通じて、リソソーム酵素の放出と活性の増加を引き起こす。生理活性脂質メディエーターであるスフィンゴシンは、リソソーム膜の特性を調節することができ、このプロセスは、酵素の微小環境条件を高めることにより、GLB1L2の活性化を促進する可能性がある。さらに、クロロキンは、リソソームのpHを上昇させることにより、リソソーム酵素の調節を妨害し、GLB1L2活性の上昇につながる可能性がある。一方、クルクミンはリソソームの安定性と機能に影響を与え、GLB1L2のようなリソソーム酵素の活性を高める可能性がある。対照的に、E64dは、システインプロテアーゼに対する選択的阻害剤である一方で、GLB1L2を含む他のリソソーム酵素の阻害を免れることにより、相対的に活性化をもたらす可能性がある。NSC87877は、SHP-1およびSHP-2リン酸化酵素を阻害することにより、間接的にリソソーム酵素活性に影響を与え、おそらくGLB1L2の活性を増強すると考えられる。さらに、β-ラパコンはリソソームの生合成を誘導することが知られており、GLB1L2を含むリソソーム酵素の活性を上昇させる可能性がある。最後に、ピリメタミンは哺乳類細胞において、GLB1L2の活性化を含むリソソーム機能の代償的なアップレギュレーションを引き起こす可能性がある。
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