FANCM阻害剤として分類される化学阻害剤は、FANCMタンパク質の機能を間接的に阻害することによって作用する。FANCMはDNA修復に不可欠であり、特にファンコニー貧血経路では、停止した複製フォークを認識して修復プロセスを開始する。FANCMの上流または下流の酵素やタンパク質の活性を調節する化学物質は、FANCMの機能状態に影響を与える可能性がある。阻害は、FANCMのリクルートまたは活性に必要な主要なリン酸化事象の破壊、FANCMの機能に必要なタンパク質間相互作用の阻害、あるいはFANCMが機能するクロマチン構造の変化によって起こりうる
ATRキナーゼ阻害剤やATMキナーゼ阻害剤などの薬剤は、DNA損傷に対するFANCMの活性に必要な翻訳後修飾であるFANCMのリン酸化を破壊することによって作用する。これとは対照的に、PARP酵素を標的とするオラパリブのような化合物は、FANCMがDNA損傷部位に動員される能力を低下させ、修復機構において役割を果たす。修復経路のさらに下流では、エトポシドのようなトポイソメラーゼII阻害剤が、FANCMの関与を必要とするDNA損傷を誘発し、それによって間接的にFANCMの活性に影響を与える。さらに、HSP90阻害剤のようなプロテオスタシス制御因子は、FANCMと会合するタンパク質の安定性と機能に影響を与え、ゲノムの完全性維持におけるFANCMの役割を阻害する可能性がある。これらの化学的阻害剤は、様々な細胞内経路との相互作用を通して、最終的に細胞内のFANCMの機能的能力に影響を与える。
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