FAM9Bの化学的阻害剤は、FAM9Bのリン酸化と活性化に不可欠な様々なタンパク質キナーゼとシグナル伝達経路の活性を調節することによって機能する。スタウロスポリンは強力なキナーゼ阻害剤で、FAM9Bの活性に必要なリン酸化過程を阻害する。同様に、Bisindolylmaleimide Iは、FAM9Bを含む多くのタンパク質のリン酸化に関与するプロテインキナーゼC(PKC)を特異的に標的とする。PKCを阻害することにより、Bisindolylmaleimide IはFAM9Bの機能に重要なリン酸化を阻止する。PI3K阻害剤であるLY294002とWortmanninは、FAM9Bの活性化に重要な役割を果たすPI3K/ACT経路を阻害する。これらの阻害剤によってこの経路が阻害されると、FAM9B活性が低下する。
経路阻害のテーマを続けると、PD98059とU0126はともに、MAPK/ERK経路の一部であるMEKの阻害剤として機能する。これらの化学物質によってこの経路が阻害されると、FAM9Bの機能に必要なERKの活性化が減少する。SP600125とSB203580は、それぞれJNKとp38 MAPキナーゼの選択的阻害剤である。これらの経路はどちらも様々なタンパク質のリン酸化とそれに続く活性化に関与しており、これらの阻害はFAM9Bの活性化を阻害する可能性がある。ラパマイシンは、mTOR経路を阻害することによって、FAM9Bを含むmTORによって制御されるタンパク質の活性を抑制することができる。最後に、PP2、ダサチニブ、イマチニブはチロシンキナーゼ阻害剤である。PP2はSrcファミリーチロシンキナーゼを選択的に阻害し、ダサチニブとイマチニブは、FAM9Bのリン酸化と活性化に関与すると思われるキナーゼを含む複数のキナーゼを標的とする広範な阻害剤である。これらのキナーゼの活性を停止させることにより、これらの阻害剤はFAM9Bの機能に必要なリン酸化事象を防ぐことができる。
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