FAM13b阻害剤は、間接的にタンパク質の機能活性を低下させるために、多様な生化学的メカニズムを用いている。MAPK/ERKシグナル伝達経路内のRAFキナーゼを標的とする化合物、あるいはSrcファミリーキナーゼの阻害剤は、FAM13bが寄与的な役割を果たしている増殖や細胞骨格形成などの細胞プロセスに影響を与える。これらの経路が阻害されると、FAM13bの活性が低下するが、タンパク質自体はこれらの阻害剤の直接的な標的ではない。同様に、PI3K/Aktシグナル伝達経路の重要な構成要素であるPI3Kを阻害する化合物は、関連する細胞の生存と増殖のメカニズムに関与していることから、最終的にFAM13bの機能に影響を与える。PI3K/Aktシグナル伝達の抑制は、FAM13bがこの経路とその下流の作用に関与していることから、FAM13bの機能的活性を間接的に阻害する結果となる。MEKに直接作用する化合物または上流のキナーゼを標的とする化合物によるMEKの阻害もまた、MAPK/ERK経路の活性低下につながる。このシグナル伝達経路活性の低下は、MAPK/ERKが介在する過程に関与するFAM13bに関係している。
これらのメカニズムに加えて、アクチン細胞骨格は、細胞の構造と運動にとって基本的なものであり、破壊されると間接的にFAM13bの活性に影響を与えるもう一つの細胞システムである。ROCKキナーゼの阻害剤は、アクチンダイナミクスの制御機構の一部を形成しており、それによってFAM13bに間接的な阻害作用を及ぼすことができる。ヘッジホッグシグナル伝達経路を調節する他の阻害剤も、FAM13bが関与する細胞増殖におけるこの経路の役割のために、FAM13b活性を低下させる可能性がある。さらに、MAPKシグナル伝達ネットワークの他の部分で重要な役割を果たしているp38 MAPKとJNKの阻害も、同様にFAM13bの活性を低下させる可能性がある。
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