FAM109A阻害剤は、主に細胞輸送とエンドソーム経路の調節に焦点を当てている。Brefeldin AとSecinH3は、それぞれARF活性化とシトヘシン活性を標的とする化学物質である。これらのタンパク質が小胞輸送とエンドソームの動態に顕著な役割を持つことを考えると、これらの阻害剤はこれらの経路で働くFAM109Aに影響を与える可能性がある。同様に、ML141、ZCL278、EHT1864、NSC23766は、エンドサイトーシスと小胞輸送を司るCdc42やRacのような小さなGTPaseを標的とする。これらのGTPaseの活性を調節することで、FAM109Aのエンドソームでの役割に影響を与えることができる。
エンドソームの選別と成熟におけるホスホイノシチドの役割は極めて重要である。したがって、PI3Kを阻害するLY294002やWortmanninのような化合物は、小胞の形成と輸送に影響を与える可能性がある。このような細胞ダイナミクスの変化は、間接的にFAM109Aの機能を調節する可能性がある。ダイナソアはダイナミンを標的としており、小胞の膜からの脱離に不可欠である。このプロセスを阻害すると、FAM109Aを含むエンドソームに関連するタンパク質に下流で影響を及ぼす可能性がある。最後に、それぞれTBK1、PAK1、Rasを標的とするTBCA、IPA-3、マヌマイシンAは、細胞のシグナル伝達と輸送を調節するという、より広範なアプローチの代表である。
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