ピオグリタゾンとロシグリタゾンは、脂肪酸代謝の遺伝子転写を上昇させ、それによってFADS6の発現と活性を高める可能性がある。PPARαアゴニストであるフェノフィブラートも同様に、脂肪酸の異化と基質の利用可能性を高めることにより、FADS6活性を増強する可能性がある。AICARや1,1-Dimethylbiguanide, HydrochlorideのようなAMPK活性化剤は、このクラスに不可欠であり、細胞のエネルギーバランスを脂肪酸酸化へとシフトさせ、その結果、FADS6活性を上昇させる可能性がある。レスベラトロールやケルセチンのような栄養素由来のポリフェノールやフラボノイドは、脂質代謝に影響を与え、遺伝子発現を変化させることでこのクラスに寄与し、間接的にFADS6の酵素機能に影響を与えうる。さらに、EPAやDHAなどの脂肪酸成分は、細胞膜内の脂肪酸組成を変化させ、FADS6活性をダイナミックに調整する可能性がある。
SRT1720は、SIRT1活性化剤として、代謝関連遺伝子のエピジェネティック制御に影響を与え、その結果、FADS6活性が変化する可能性がある。ベルベリンは、脂質代謝調節における役割で際立っており、様々な代謝経路を通じてFADS6に影響を及ぼす可能性を示唆している。このクラスの各化合物は、FADS6と直接相互作用するのではなく、遺伝子発現、脂肪酸代謝、細胞エネルギー状態、エピジェネティック・ランドスケープなどの異なる細胞プロセスを調節することによって、酵素活性に影響を及ぼす。
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