MMS22L阻害剤には、DNA損傷応答や相同組換え修復経路に間接的に影響を与える化合物が含まれる。これらの化学物質はMMS22Lタンパク質の直接的なアンタゴニストではないが、MMS22Lが重要な役割を果たす細胞内プロセスを変化させることによって機能する。AphidicolinやHydroxyureaのようなDNA複製阻害剤は、複製フォークを停滞させる可能性があり、この状態を解決するためには相同組換えが必要となるため、間接的にMMS22Lの機能性が問われることになる。同様に、カンプトテシン、エトポシド、シスプラチン、マイトマイシンCのようなDNA損傷剤は、MMS22Lが重要な役割を果たす経路を介して修復を必要とする病変を導入する。ゲムシタビンのようなヌクレオシドアナログのDNAへの取り込みもまた、複製を阻害し、MMS22Lが介在する修復への依存性を高める可能性がある。
UCN-01、VE-821、AZD7762、KU-55933のようなチェックポイント・キナーゼ阻害剤は、細胞周期の調節とDNA損傷応答を破壊し、MMS22Lを含むDNA修復機構に過負荷をかける可能性がある。オラパリブのような化合物によってPARP、ATR、Chk1、ATMなどの酵素が阻害されると、MMS22Lが働く相同組換え修復への依存度が高まり、間接的にその機能に影響を及ぼす可能性がある。
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