ESX1の化学的阻害剤は、様々な分子経路を通して機能阻害を達成することができる。幅広いキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、ESX1やその共制御因子をリン酸化するキナーゼを阻害することができ、それによってESX1が転写調節の役割を果たすのを防ぐことができる。同様に、プロテインキナーゼC(PKC)を特異的に阻害するBisindolylmaleimide Iは、ESX1の活性を制御するタンパク質のリン酸化を抑えることができる。ESX1の機能は、プロテインキナーゼA(PKA)阻害剤であるH-89によっても阻害される。H-89は、ESX1の制御機能に重要であると思われるPKA依存性のリン酸化事象を防ぐことができる。PI3K阻害剤であるLY294002は、AKTシグナルをダウンレギュレートし、その結果、ESX1に関与する転写因子や共制御因子の活性を低下させ、ESX1の活性低下につながる。
さらに、MAPK経路のMEK阻害剤であるPD98059とU0126は、ERKの活性化を防ぐことができる。この経路の阻害は、ESX1に関与する転写因子の活性を抑制し、その結果、ESX1の機能阻害をもたらす。mTORの阻害剤であるラパマイシンやAZD8055は、タンパク質合成や他の成長関連プロセスなど、ESX1の活性に有利な細胞条件を破壊し、ESX1を機能的に阻害することができる。さらに、p38 MAPKとJNKをそれぞれ阻害するSB203580とSP600125は、ESX1活性を制御する転写因子に対するこれらのキナーゼの制御的影響を阻害することができる。最後に、Srcファミリーキナーゼ阻害剤であるダサチニブとPP2は、ESX1の制御ネットワーク内の基質のリン酸化を低下させ、ESX1の機能を阻害する。
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