Ctag2l1阻害剤は、関連する経路やプロセスに影響を与えることで、間接的にCtag2l1の活性に影響を与えることができる。これらの阻害剤は多様であり、タンパク質やtRNAの合成や修飾の様々な段階で作用する。例えばメチオニン・スルホキシミンは、アミノ酸の利用可能性に影響を与えることで、間接的にtRNAの代謝過程を阻害する可能性がある。シクロヘキシミドとアニソマイシンはタンパク質合成を阻害し、細胞質のEKC/KEOPS複合体内のタンパク質間相互作用に間接的に影響を与える可能性がある。チュニカマイシンのグリコシル化阻害作用は複合体の安定性と機能に影響を与える可能性があり、クロロキンのリソソーム活性とオートファジーに対する作用も間接的に細胞質タンパク質複合体に影響を与える可能性がある。
ピューロマイシン、パクタマイシン、ネオマイシン、エメチン、ハリングトニン、ホモハリングトニンなどの化合物はリボソームと相互作用し、さまざまな段階でタンパク質合成を阻害する。タンパク質合成を阻害することにより、これらの化合物は、必要なタンパク質成分の利用可能性を制限することで、EKC/KEOPSのようなタンパク質複合体の形成や適切な機能を妨げる可能性がある。オリゴマイシンのATPレベルへの影響は、tRNAの修飾のようなエネルギー投入を必要とするプロセスを含む細胞代謝に広範囲に影響を及ぼす可能性がある。
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