CLPXの化学的阻害剤は、タンパク質の機能経路を妨害する様々なメカニズムによって阻害効果を発揮する。pifithrin-μやVer-155008のようなHsp70阻害剤は、CLPXとHsp70ファミリーのタンパク質との連携を阻害する。CLPXはHsp70タンパク質と密接に働くので、これらのシャペロンが阻害されると、タンパク質のプロセシングにおけるCLPXの役割が下流で阻害されることになる。MG132やラクタシスチンのようなプロテアソーム阻害剤は、ポリユビキチン化タンパク質の蓄積を引き起こし、タンパク質分解経路に負担をかけ、間接的にCLPXがその機能を効果的に発揮するのを妨げる。プロテアソームシステムを含むプロテオスタシスネットワークは相互に関連しており、一つの構成要素の調節異常が他の構成要素に影響を及ぼす可能性があるからである。
コンカナマイシンAやバフィロマイシンA1などの他の阻害剤は、V-ATPaseを阻害することで細胞コンパートメントを破壊し、リソソームやプロテアソームの分解に必要な酸性環境を損なう。CLPXの機能的完全性はこれらの細胞プロセスに依存しているため、これらの破壊はCLPX活性の低下につながる可能性がある。最後に、EerIやエポキソミシンのような阻害剤は、それぞれ小胞体関連分解(ERAD)やユビキチン・プロテアソーム系のような特定の分解経路を妨害する。そうすることで、これらの経路におけるCLPXの役割を間接的に妨げ、機能阻害につながる。
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