CLK3活性化物質には、細胞内シグナル伝達経路における様々な標的メカニズムを通じて、CLK3の機能的活性を間接的に増強する様々な化合物が含まれる。インジルビンとフラボピリドールは、サイクリン依存性キナーゼの阻害剤として働くことで、競合基質のリン酸化を低下させ、CLK3を介したリン酸化を間接的に増強する。これは、ハルミンがDYRKを阻害することによって補完され、CLK3の特異的基質に対するリン酸化能が増強される。同様に、TG003はCLK3阻害剤であるが、阻害濃度以下では、スプライシング機能に不可欠なCLK3活性を増強する細胞代償反応を促す。5-ヨードツベルシジンとシクロヘキシミドは、それぞれATPの利用可能性を増加させ、CLK3タンパク質レベルを安定化させることにより、CLK3を間接的にアップレギュレートし、そのキナーゼ活性を増幅させる。CLK3と他のキナーゼとの間の相互作用は、CK1を阻害するD4476とIC261によってさらに例証され、CK1のリン酸化抑制効果を緩和することによってCLK3シグナル伝達の増強につながる。
CLK3の役割に影響を及ぼすこれらの活性化因子の特異性は、CLK3の増強に収束するそれぞれの作用様式によって強調される。ケンパウロンによるGSK3の阻害は、CLK3をリン酸化に基づく阻害から解放し、リン酸化カスケードにおける役割をより効果的に果たすことを可能にする可能性がある。1-NM-PP1とroscovitineによる競合キナーゼの選択的阻害は、さらにCLK3の基質が妨害されることなくリン酸化される道を開き、それによってCLK3の機能的活性を促進する。DRBによるRNAポリメラーゼII調節タンパク質のリン酸化の減少は、CLK3がalternative splicing事象の調節に関与することを間接的に促進する。これらの化合物は、細胞内のキナーゼと基質を標的として調節することで、CLK3の活性を高めるような環境を作り出し、間接的な活性化メカニズムが広範かつ相互に関連していることを示している。
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