CENP-VL1阻害剤には、このセントロメア関連タンパク質の活性を阻害する多様なメカニズムで機能する様々な化合物が含まれる。サイクリン依存性キナーゼを阻害すると細胞周期が停止し、CENP-VL1が細胞分裂に効果的に関与できなくなる。さらに、ヒストンアセチル化の増加やDNAメチル化の減少によってクロマチン構造を修飾する化合物の使用は、CENP-VL1の染色体結合や機能に変化をもたらす可能性がある。これらのクロマチン修飾剤は、CENP-VL1とcenromeric DNAとの適切な結合を阻害する構造変化を引き起こすため、有糸分裂時の染色体分離におけるCENP-VL1の重要な役割を損なうことになる。
さらに、DNA損傷応答や有糸分裂紡錘体形成に関与する特定のキナーゼを標的とすると、セントロメアにおけるCENP-VL1のリクルートと機能にとって重要なプロセスが阻害される。DNAの架橋を誘導したり、微小管ダイナミクスを阻害する化学物質は、セントロメアとCENP-VL1を含む関連タンパク質に間接的な影響を及ぼす。微小管ダイナミクスを不安定にしたり、DNA損傷を誘発したりすることによって、これらの化合物は、細胞分裂中にゲノムの安定性を維持するのに重要なCENP-VL1の局在や機能を阻害する可能性がある。プロテアソーム阻害剤やヌクレオチドプールを減少させる薬剤も、それぞれミスフォールディングタンパク質の蓄積を引き起こしたり、DNA複製を阻害したりすることによって、CENP-VL1の間接的阻害に寄与しており、CENP-VL1阻害剤が採用するメカニズムの多様性をさらに立証している。
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