CCDC69活性化物質には、その活性化につながる細胞内シグナル伝達経路を調節する多様な化学物質が含まれる。主な作用機序の一つは、cAMPのような細胞内セカンドメッセンジャーを上昇させることである。この上昇は、アデニルシクラーゼを直接刺激するか、ホスホジエステラーゼを阻害することによって達成され、それによって細胞内でのcAMPの分解を防ぐ。上昇したcAMPレベルは、プロテインキナーゼAや他のcAMP依存性タンパク質を活性化し、CCDC69をリン酸化して活性を高める可能性がある。さらに、ある種の活性化因子は、直接的なイオントフォレーシス機構を介して、あるいはカルシウムチャネルの機能を調節することによって、細胞内のカルシウム濃度を調節することによって働く。このカルシウムシグナルの調節は、カルシウム依存性キナーゼによるCCDC69のリン酸化と活性化につながるイベントのカスケードを引き起こすため、非常に重要である。
もう一つの活性化因子は、シグナル伝達に関与する特定の酵素と相互作用することによってCCDC69の活性に影響を与える。例えば、ある種の活性化因子はプロテインキナーゼAを阻害し、CCDC69の活性化につながる代償的な細胞応答を引き起こす可能性がある。また、グリコーゲン合成酵素キナーゼ-3を阻害したり、プロテインキナーゼCを活性化したりする活性化因子もあり、CCDC69のリン酸化とそれに続く活性化に適した環境になる可能性がある。さらに、脂肪酸が細胞膜に取り込まれると膜の性質が変化し、シグナル伝達経路に影響を与え、CCDC69を活性化する可能性がある。
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