CCDC38の化学的阻害剤は、CCDC38の機能的枠組みの基礎となる細胞骨格ネットワークの様々な要素を標的とすることにより、タンパク質の機能を調節する上で重要な役割を果たす。選択的NUAKキナーゼ阻害剤であるWZ4003は、細胞の輸送と構造を破壊し、CCDC38が必要とする細胞環境を変化させることによって、CCDC38の機能阻害につながる。同様に、ML141はCDC42 GTPaseを阻害することで、CCDC38の機能に不可欠な細胞骨格の乱れを引き起こす。ミオシンIIを標的とするブレッビスタチンとROCKキナーゼ阻害剤であるY-27632は、どちらも細胞骨格の動態を損ない、その結果、CCDC38が依存している構造的完全性を乱すことによってCCDC38の機能に影響を与える。
細胞骨格ネットワークにさらに影響を与えるSMIFH2は、CCDC38が細胞骨格の構成を維持する役割を果たすのに必要な、ホルミンを介したアクチンの集合を阻害する。アクチンフィラメントの分岐を担うArp2/3複合体は、阻害剤CK-666によって標的とされ、CCDC38の機能を阻害する細胞骨格の変化をもたらす。LIMキナーゼを阻害するBMS-5は、CCDC38にとって重要なアクチンフィラメントの動態を乱し、LDN-193189はBMPタイプI受容体を阻害し、間接的にCCDC38の活性を調節する経路に影響を与える。PF-3758309のPAKキナーゼ阻害は細胞骨格構造を変化させ、CCDC38に影響を与える。さらに、STLCは有糸分裂の紡錘体ダイナミクスを破壊し、間接的にCCDC38に影響を与え、CCDC38はこれらの細胞プロセスに関与している可能性がある。マリマスタットは、細胞外マトリックスのリモデリングと細胞接着機構を変化させることにより、CCDC38に影響を与える。最後に、GSK269962AはRho-キナーゼを阻害することにより、細胞基盤に影響を与え、CCDC38に関連する機能に影響を与える。それぞれの化学物質は、細胞骨格ネットワーク内の特定の標的を通して、CCDC38の機能阻害に寄与している。
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