上皮成長因子(EGF)とレチノイン酸は細胞シグナル伝達と遺伝子発現調節を指揮し、細胞骨格組織と繊毛形成に影響を与える。細胞構造と分裂に重要な微小管ダイナミクスは、タキソールやノコダゾールの影響を受ける。これらの変化は、特に染色体分離や繊毛維持に関与している場合、CCDC138の作用範囲に及ぶ可能性がある。塩化リチウムやフォルスコリンのような化合物は、それぞれWntシグナル伝達経路やcAMP経路に作用する。これらのシグナル伝達カスケードは、繊毛の構造と機能を制御するものを含む多くの細胞機能に必須であり、CCDC138が関与している可能性がある。さらに、DNAメチル化を調節する5-アザシチジンやプロテアソーム阻害剤MG132のような化学物質は、遺伝子発現やタンパク質の安定性に影響を与え、細胞内のCCDC138のターンオーバーや機能に影響を与える可能性がある。
細胞骨格の動態に影響を与えるROCK阻害剤であるY-27632や、自食作用やエンドソームへの輸送過程を変化させるクロロキンも、化学的相互作用を拡大する。これらの化合物は、毛様体タンパク質の適切な局在と機能に不可欠な細胞の構造的枠組みを修正することによって、CCDC138の活性に関係している可能性がある。オートファジーや繊毛形成に関与することで知られるラパマイシンや、オーロラキナーゼ阻害剤であるZM-447439は、細胞分裂やおそらくは繊毛の分解に影響を与えることで、CCDC138の活性を規定する複雑な制御環境にさらに貢献している。
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