カルパイン13活性化剤は、主に細胞内カルシウムレベルを調節することによって、間接的にカルパイン13の活性化につながる化合物を包含する。これらの活性化剤は様々なメカニズムで機能する。あるものは、タプシガルギンやシクロピアゾン酸に見られるように、SERCAポンプを阻害することによってカルシウムの小胞体(ER)への隔離を破壊し、カルパイン13のタンパク質分解活性を高める細胞質カルシウムの増加をもたらす。A23187やライアノジンのように、カルシウムチャネルや受容体に直接作用して細胞内貯蔵カルシウムの放出を促進し、カルパイン13の活性化に必要な局所カルシウム濃度を上昇させ、カルパイン13の機能的活性を高めるものもある。
4-クロロ-m-クレゾールやカフェインなどの化合物は、細胞内カルシウムの調節において極めて重要な役割を果たすリアノジン受容体チャネルを介してカルシウム放出を誘導する。これらの化合物は、カルパイン13の活性化に必要なカルシウムイオンを豊富に含む細胞内環境を確保する。カルバコールは、コリン作動性アゴニストとして作用することにより、小胞体からカルシウムを動員して細胞内カルシウムを増加させ、カルパイン13の活性化を助長する環境を提供する。カルパイン13の機能的活性は、細胞内のカルシウムチャネルを調節する化合物によってさらに影響を受ける。例えば、ベラパミルやニカルジピンのようなカルシウムチャネル遮断薬は、カルシウムバランスを維持しようとする恒常性維持機構を通じて、間接的に細胞内カルシウムの増加をもたらし、その結果、カルパイン13活性のアップレギュレーションを引き起こす可能性がある。
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