フォルスコリンは、cAMPレベルを上昇させることで、様々な転写因子をリン酸化することができる重要な酵素であるプロテインキナーゼAを活性化するカスケードを引き起こし、遺伝子発現を上昇させる可能性がある。イオノマイシンは、細胞内カルシウムを上昇させることにより、カルシウム依存性プロテインキナーゼを活性化し、転写様式を変化させる一連のシグナル伝達を引き起こす。同様に、PMAはプロテインキナーゼCに関与し、多くのタンパク質をリン酸化し、遺伝子発現パターンに影響を与える可能性がある。5-アザ-2'-デオキシシチジンやトリコスタチンAのような化合物は、細胞のエピジェネティックな状態を変化させる。前者はDNAに結合してメチル化を阻害し、転写に適したよりオープンなクロマチン構造をもたらす。後者はヒストン脱アセチル化酵素の活性を抑制し、クロマチン構造を緩和させ、転写装置のDNAへの接近性を高める。
レチノイン酸は核内受容体と相互作用し、DNAに結合して遺伝子発現を調節し、C9orf173のようなタンパク質の発現を制御する経路を含む様々な細胞経路に影響を与える。エピガロカテキンガレートは、多数のシグナル伝達分子や経路と相互作用することで影響力を発揮し、細胞環境を変化させ、遺伝子発現プロファイルを変化させる可能性がある。酪酸ナトリウムによるヒストン脱アセチル化酵素の阻害は、活性なクロマチン状態のマーカーであるヒストンのアセチル化を増加させ、遺伝子発現を促進する。LY294002、PD98059、SP600125のようなキナーゼ阻害剤は、それぞれPI3K、MEK、JNKシグナル伝達経路を特異的に標的とする。これらの経路を調節することで、間接的に転写因子のリン酸化、ひいては活性に影響を与え、タンパク質の発現を変化させることができる。mTORシグナル伝達の阻害剤であるラパマイシンは、細胞増殖と代謝において中心的な役割を果たすため、タンパク質合成と遺伝子発現に広範な影響を及ぼす可能性がある。
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