C6orf35の化学的阻害剤は、このタンパク質の活性を制御する様々なシグナル伝達経路を阻害することによって機能することができる。スタウロスポリンは、C6orf35のリン酸化とその後の制御に関与すると考えられる複数のプロテインキナーゼの活性を阻害することができる幅広いキナーゼ阻害剤である。これらのキナーゼを阻害することにより、スタウロスポリンはC6orf35の適切な機能に必要なリン酸化を防ぐことができる。同様に、Bisindolylmaleimide IはプロテインキナーゼC(PKC)を標的とし、PKCを介したリン酸化がC6orf35の活性に重要であれば、この阻害剤はその機能を抑制することができる。LY294002とWortmanninは、シグナル伝達経路によって様々なタンパク質を制御できるもう一つのキナーゼであるPI3Kを標的としている。もしC6orf35がPI3Kの下流で働くのであれば、これらの化学物質による阻害はその機能的活性を失わせる可能性がある。
細胞のシグナル伝達経路の特定の構成要素を標的とするその他の阻害剤としては、C6orf35の上流にあるかもしれない細胞増殖と代謝の中心的調節因子であるmTOR経路を阻害するラパマイシンがある。PD98059、U0126、SB203580はMAPK経路の構成要素を選択的に阻害する。PD98059とU0126はMEK1/2を阻害し、SB203580はp38 MAPKを阻害する。C6orf35がMAPK/ERKまたはp38 MAPK経路によって活性化される場合、これらの阻害剤はその活性化を抑制することができる。ストレス活性化MAPK経路のもう一つのキナーゼであるJNKを阻害するSP600125も、C6orf35がJNKシグナルによって制御されている場合、C6orf35の阻害をもたらす可能性がある。Srcファミリーチロシンキナーゼの阻害剤であるPP2は、Srcキナーゼが介在するリン酸化がC6orf35の制御に関与している場合、C6orf35の制御を阻害する可能性がある。最後に、ゲフィチニブとラパチニブはEGFRとHER2経路に関連するチロシンキナーゼの阻害剤である。もしC6orf35がこれらの受容体を介したシグナル伝達に依存しているならば、これらの化学物質による阻害はC6orf35活性の減少につながる可能性がある。これらの阻害剤はそれぞれ、C6orf35の機能的活性に必要なリン酸化状態やシグナル伝達経路を阻害し、機能的阻害をもたらす可能性がある。
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