C5orf40の阻害剤は、主にその活性に重要な特定のシグナル伝達経路を阻害することによって機能する。例えば、MAPK/ERK経路やPI3K/AKT経路は、成長や生存を含む多くの細胞機能の中心であり、それぞれのキナーゼのリン酸化や活性化を阻止する低分子阻害剤によって標的とすることができる。これらの経路が抑制されると、C5orf40が通常これらの経路によって制御されている、あるいはこれらの経路と関連している場合、C5orf40の機能的活性が低下する可能性がある。同様に、ストレス応答に関与しているp38 MAPキナーゼや、様々な調節過程に関与しているJNK経路を阻害すると、C5orf40がこれらの経路に関与している場合、C5orf40の活性が低下する可能性がある。さらに、細胞の代謝、成長、増殖のマスターレギュレーターであるmTORシグナル伝達の阻害も、C5orf40がmTOR制御ネットワークの一部であれば、C5orf40の機能低下につながる可能性がある。
C5orf40の化学的阻害のターゲットとなりうる経路には、Rho-associated protein kinase(ROCK)とBMPシグナル伝達がある。ROCKを選択的に阻害することで、C5orf40の活性に影響を及ぼしている可能性のある形状、運動性、収縮などの細胞プロセスを変化させ、機能低下に導くことができる。BMPレセプターを標的とするDorsomorphinは、C5orf40活性がBMP制御経路の影響を受けている場合、その活性を減弱させる可能性がある。SERCAポンプ阻害による細胞内カルシウムレベルの阻害も、特にC5orf40がカルシウム感受性であれば、C5orf40活性を低下させる可能性がある。さらに、MAPK/ERK経路で重要な役割を果たすRAFキナーゼを阻害することで、C5orf40がRAFキナーゼシグナル伝達の下流で働くか、あるいはRAFキナーゼシグナル伝達によって調節される場合、C5orf40の活性を低下させる可能性がある。最後に、プロテインキナーゼC(PKC)を標的とすることは、遺伝子発現、細胞周期の進行、アポトーシスなど、PKCが支配する細胞プロセスの広さを考慮すると、C5orf40活性の低下につながる可能性がある。
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