C5orf36阻害剤には、タンパク質の機能的活性に間接的に関連する様々な細胞内シグナル伝達経路を標的とする様々な化学物質が含まれる。mTORシグナル伝達経路を阻害する化合物は、タンパク質合成と細胞増殖の減少を引き起こし、それによってC5orf36の活性を低下させる。同様に、PI3K阻害剤はPI3K/AKT/mTOR経路を破壊し、選択的AKT阻害剤はAKTのリン酸化と活性化を阻害し、C5orf36の抑制にさらに寄与する。さらに、CDK4/6阻害剤は細胞周期の進行を停止させ、このタンパク質の活性を制御する下流の標的や経路に影響を与える可能性がある。さらに、MEK阻害剤のようなMAPキナーゼ経路を標的とする阻害剤は、C5orf36の制御に影響を及ぼす可能性のあるMAPK/ERKシグナル伝達を阻害し、JNKおよびp38 MAPK阻害剤は、このタンパク質の活性を調節する可能性のある細胞ストレス応答経路を妨害する。
その他の阻害剤は、ユビキチン・プロテアソーム系を標的としたり、細胞のカルシウムホメオスタシスを破壊することによって作用し、どちらも間接的にC5orf36の活性低下につながる可能性がある。プロテアソーム阻害剤は、シグナル伝達経路を変化させ、C5orf36を阻害する可能性のある制御タンパク質の分解を阻止する。タプシガルギンのようなSERCAポンプ阻害剤はカルシウムのホメオスタシスを破壊し、C5orf36の活性を制御しうるカルシウム依存性のシグナル伝達経路に影響を与える。さらに、TunicamycinのようなN-結合型グリコシル化阻害剤は、タンパク質のフォールディングを破壊し、続いて小胞体ストレス経路に影響を与え、C5orf36の阻害につながる可能性がある。
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